项目经理在与甲方合作时应避免冲突和恶意互动，关键在于加强沟通、严格执行合同与变更流程，合理利用专业协作工具保护团队与项目利益。采取透明管理、合规合同与知识产权流程，可以有效管控甲方不合理要求并降低合作风险。面对复杂合作环境，项目经理需提升自身能力，依托现代工具如Worktile、PingCode，实现流程自动化、证据留存与合规化执行，最终促进项目成功和双方长期合作。