org.Hs.eg.db包载入失败的原因：1、包未安装；2、依赖包未安装；3、包版本不兼容；4、路径问题。包未安装是指在使用 org.Hs.eg.db 包之前，需要确保已将其正确安装到本地计算机，如未正确安装，则无法正常使用。
一、org.Hs.eg.db包载入失败的原因
1、包未安装
在使用 org.Hs.eg.db 包之前，需要确保已将其正确安装到本地计算机。可以通过 Bioconductor 官网提供的命令行方式或者在 R 语言环境下的命令来完成安装操作。
解决方法：确认 org.Hs.eg.db 包已经正确安装，并通过 sessionInfo() 函数查看其所依赖的其他包是否正确安装。
2、依赖包未安装
在安装 org.Hs.eg.db 之前，需要保证该包所依赖的其他 R 包同样被安装至本地计算机。
解决方法：如果缺少某个依赖包，可以使用 install.packages() 函数安装缺失的包。
3、包版本不兼容
在某些情况下，org.Hs.eg.db 包的版本可能与其他相关的 R 包存在兼容性问题。此时需要升级或降级 org.Hs.eg.db 包以解决兼容性问题。
解决方法：如果出现兼容性问题，可以尝试使用 BiocManager::install() 函数安装或更新 org.Hs.eg.db 包。
4、路径问题
路径问题是比较常见的导致包载入失败的原因之一。在载入 org.Hs.eg.db 包之前，需要确认路径是否正确，并且当前用户是否具有访问该路径的权限。
解决方法：确认路径是否正确，并授予当前用户访问该路径的权限。
二、org.Hs.eg.db包简介
1、安装载入
if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("org.Hs.eg.db")}
suppressMessages(library(org.Hs.eg.db))2、查看该包所有的对象
ls("package:org.Hs.eg.db")
功能：可以用来进行基因ID的转换
- org.Hs.egACCNUM：将 Entrez Gene ID 映射到 GenBank 序列访问号
- org.Hs.egALIAS2EG：将基因符号映射到 Entrez Gene ID
- org.Hs.eg.db：Bioconductor注释数据包
- org.Hs.egCHR：将 Entrez Gene ID 映射到染色体编号
- org.Hs.egCHRLENGTHS：包含了每条染色体长度的命名向量
- org.Hs.egCHRLOC：将 Entrez Gene ID 映射到染色体位置
- org.Hs.egENSEMBL：将 Ensembl 基因访问号映射到 Entrez Gene ID
- org.Hs.egENSEMBLPROT：将 Ensembl 蛋白质访问号映射到 Entrez Gene ID
- org.Hs.egENSEMBLTRANS：将 Ensembl 转录本访问号映射到 Entrez Gene ID
- org.Hs.egENZYME：将 Entrez Gene ID 映射到酶名分类号
- org.Hs.egGENENAME：将 Entrez Gene ID 映射到基因名称
- org.Hs.egGO：将 Entrez Gene ID 映射到Gene Ontology ID
- org.Hs.egMAP：将 Entrez Gene ID 映射到细胞遗传学图谱的区段位置
- org.Hs.egMAPCOUNTS Number of：在 org.Hs.eg.db 包中的已映射键数
- org.Hs.egOMIM：将 Entrez Gene ID 映射到人类遗传疾病 MIM ID
- org.Hs.egORGANISM：org.Hs.eg 数据库对应的生物种类为人类
- org.Hs.egPATH：将 Entrez Gene ID 映射到 KEGG 通路 ID
- org.Hs.egPFAM：将基因访问号映射到 PFAM ID
- org.Hs.egPMID：将 Entrez Gene ID 映射到 PubMed 文献 ID
- org.Hs.egPROSITE：将基因访问号映射到 PROSITE ID
- org.Hs.egREFSEQ：将 Entrez Gene ID 映射到 RefSeq 序列访问号
- org.Hs.egSYMBOL：将 Entrez Gene ID 映射到基因符号
- org.Hs.egUNIGENE：将 Entrez Gene ID 映射到 UniGene 群集访问号
- org.Hs.egUNIPROT：将 Uniprot 访问号映射到 Entrez Gene ID
- org.Hs.eg_dbconn：收集有关包注释数据库的信息
3、示例
用mget函数：
myEIDs <- c("1", "10", "100", "1000", "37690")
mySymbols <- mget(myEIDs, org.Hs.egSYMBOL, ifnotfound=NA) #myEID是自己的ID，org.Hs.egSYMBOL是其中的一个对象
mySymbols <- unlist(mySymbols)用select函数：
myEIDs <- c("ENSG00000130720", "ENSG00000103257", "ENSG00000156414")
cols <- c("SYMBOL", "GENENAME")
select(org.Hs.eg.db, keys=myEIDs, columns=cols, keytype="ENSEMBL") #生成数据框延伸阅读1：数据分析常用R包
- dplyr包
- ggplot2包
- stringr包
- data.table包
- tidyr包
- caret包
- cluster包和factoextra包
- arules包和arulesViz包
