主要危害系统文件的病毒有：1. 伴随型病毒；2.“蠕虫”型病毒；3. 寄生型病毒;4. 诡秘型病毒;5. 变型病毒。其中，伴随型病毒并不改变文件本身，它们根据算法产生EXE文件的伴随体，具有同样的名字和不同的扩展名（COM）。
一、主要危害系统文件的病毒
1. 伴随型病毒
这一类病毒并不改变文件本身，它们根据算法产生EXE文件的伴随体，具有同样的名字和不同的扩展名（COM），例如：XCOPY.EXE的伴随体是XCOPY-COM。病毒把自身写入COM文件并不改变EXE文件，当DOS加载文件时，伴随体优先被执行到，再由伴随体加载执行原来的EXE文件。
2.“蠕虫”型病毒
通过计算机网络传播，不改变文件和资料信息，利用网络从一台机器的内存传播到其它机器的内存，计算网络地址，将自身的病毒通过网络发送。有时它们在系统存在，一般除了内存不占用其它资源。
3. 寄生型病毒
除了伴随和“蠕虫”型，其它病毒均可称为寄生型病毒，它们依附在系统的引导扇区或文件中，通过系统的功能进行传播，按其算法不同可分为：练习型病毒，病毒自身包含错误，不能进行很好的传播，例如一些病毒在调试阶段。
4. 诡秘型病毒
诡秘型病毒它们一般不直接修改DOS中断和扇区数据，而是通过设备技术和文件缓冲区等DOS内部修改，不易看到资源，使用比较高级的技术。利用DOS空闲的数据区进行工作。
5. 变型病毒
变型病毒（又称幽灵病毒）这一类病毒使用一个复杂的算法，使自己每传播一份都具有不同的内容和长度。它们一般的作法是一段混有无关指令的解码算法和被变化过的病毒体组成。
延伸阅读：
二、引导区电脑病毒
90年代中期，最为流行的电脑病毒是引导区病毒，主要通过软盘在16位元磁盘操作系统(DOS)环境下传播。引导区病毒会感染软盘内的引导区及硬盘，而且也能够感染用户硬盘内的主引导区(MBR)。一旦电脑中毒，每一个经受感染电脑读取过的软盘都会受到感染。
引导区电脑病毒是如此传播：隐藏在磁盘内，在系统文件启动以前电脑病毒已驻留在内存内。这样一来，电脑病毒就可完全控制DOS中断功能，以便进行病毒传播和破坏活动。那些设计在DOS或Windows3.1上执行的引导区病毒是不能够在新的电脑操作系统上传播，所以这类的电脑病毒已经比较罕见了。 （电脑入门
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