这个项目应该是先有成型的数据库，再开始做上层软件开发的。如果我猜的没错的话，是不是原软件系统打算升级，或者从CS转BS模式。如果这样的话，标签中的hibernate框架肯定是不合适的。
一、几千张表的SQL数据库怎么设计持久层
这个项目应该是先有成型的数据库，再开始做上层软件开发的。如果我猜的没错的话，是不是原软件系统打算升级，或者从CS转BS模式。
如果这样的话，标签中的hibernate框架肯定是不合适的。各种考虑下mybatis几乎是你少数的选择。
首先你应该对你们公司的业务进行分析。从应用层的角度抽象出你需要的实体bean。
有2000多张表，怎么看都是个很重要的大项目，可维护性是名列前茅位，所以不要怕麻烦。分析你的bean，哪些是易于变动的，哪些是相对固定的。在此基础上，你需要设计数据库的View 和 存储过程。
这些都做好之后， 用SQL语句（包括存储过程调用）把实体Bean和数据关联起来。然后用mybatis框架做好SQL语句的管就好了。
最后记住，大项目是不可能一步做好的，做好长期重构和维护的准备，另外文档写好，不光是给别人看，也是给自己看。能记住自已半年前的代码思路的人，那记忆已经是极好的了。
延伸阅读：
二、并发锁
在一定条件下，MyISAM也支持查询和操作的并发进行。
MyISAM存储引擎有一个系统变量concurrent_insert，专门用以控制其并发插入的行为，其值分别可以为0、1或2。
当concurrent_insert设置为0时，不允许并发插入。
当concurrent_insert设置为1时，如果MyISAM允许在一个读表的同时，另一个进程从表尾插入记录。这也是MySQL的默认设置。
当concurrent_insert设置为2时，无论MyISAM表中有没有空洞，都允许在表尾插入记录，都允许在表尾并发插入记录。
可以利用MyISAM存储引擎的并发插入特性，来解决应用中对同一表查询和插入锁争用。例如，将concurrent_insert系统变量为2，总是允许并发插入；同时，通过定期在系统空闲时段执行OPTIONMIZE TABLE语句来整理空间碎片，收到因删除记录而产生的中间空洞。
