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中国人泛基因图谱在英国《自然》杂志发表

这是一张中国人的基因图谱(之一),6月14日,著名的顶会期刊英国《自然》杂志发表了《基于36个族群的中国人泛基因组参考图谱》。这是中国复旦大学、西安交通大学、中国医学科学院等26家单位联合完成的中国人群泛基因组联盟(CPC)一期研究进展的成果。也是我国学者领导的人群基因组研究首次登上《自然》。

该泛基因组图谱共包含约3.01Gb个碱基对的序列信息,发现了在人类通用参考基因组上缺失的约1.9亿个碱基对的参考序列;新鉴定了东亚人特有的百万计的点突变或小变异,以及3.4万个结构变异,涉及大量潜在功能原件,包括至少1367个蛋白质编码基因。其中,约500万个碱基对新序列存在于95%以上的单倍型中,被视为中国人群基因组核心序列,并被认为可能与中国人群特有的生物学功能或表型特征相关。

对于这次基因研究成果的公开公布,在基因科学领域可能属于第一次。

美国和英国都不曾公布其人种基因图谱(俗称的盎格鲁撒克逊人),前苏联和俄罗斯也不曾公布他们的人种图谱(斯拉夫人),以色列也没有公布犹太人基因图谱,欧洲和日本、韩国也均没有公开过他们的国人基因图谱,目前,只有中国科学界的复旦大学公布了中国人基因图谱。在全球应该属于首次。

对于这次基因研究成果的公布,国内外反对声音众多。

新加坡董玉振博士称,“搞不好就成了自己出钱把自己的肾脏割下来送人还沾沾自喜”。

国内众多媒体平台上也出现了非常多的反对的声音。

关于基因图谱,科技部于2022年曾发文,禁止向境外提供我国人类的遗传资源。

但是,据科技部网站消息,《人类遗传资源管理条例实施细则》于2023年5月11日科技部第3次部务会审议通过并公布,自2023年7月1日起施行。

也就是说,这个禁止向境外提供我国人类基因图谱的规定于2023年7月1日才生效,但复旦大学等联合提交给英国《自然》的《基于36个族群的中国人泛基因组参考图谱》论文在这个时间点(6月14日)前公布了。

其实,这份研究成果早就于2022年9月份就递交给了《自然》杂志,然而,根据上面的“科技部拟规定”,是于3月份发布的,只是还是“拟”,而正式生效是今年7月1日,且中间经过了多次审议。

研究团队新发现了1079个基因拷贝数变异,包括大量在中国人群中富集而在其他世界人群中较为罕见的若干基因拷贝数变异;同时,新鉴定出富集在中心粒、端粒等染色体复杂区域的3.4万个结构变异,其中半数以上仅在单个或两个样本中出现。这意味着若不针对中国丰富的族群多样性开展专门研究,将没有机会发现这些遗传变异。

研究人员进一步揭示,这些新发现的遗传变异可能与亚洲人群特有的某些疾病的易感性及表型多样性有关。一个典型的例子是α-珠蛋白基因簇,研究人员在该基因区域鉴定出两个中国人群特异性的大规模结构变异,包括一段20kb的缺失序列和一段10kb的重复序列,这为进一步研究中国人群贫血症的遗传机理和致病机制提供新的线索。

这一图谱构建有助于寻找复杂表型/疾病的遗传学基础。比如此次发现RASA4基因变异就与多种肿瘤有密切关系;PRSS基因与消化道疾病有关,尤其是与胰腺炎、胰腺癌密切相关。“再比如,参与25%的临床药物代谢和清除的基因CYP2D6,在中国人群和欧美群的变异就有很大差异。”课题组成员徐书华介绍,“很多临床使用的药物是基于欧美人的体质开发的,这一基因的变异就会对中国人使用欧美研发的药物安全带来潜在风险。同样,此次研究发现,C4基因区域与精神分裂症密切相关,而对比西方人群的基因图谱,可以发现东西方的精神分裂症遗传机制有可能存在显著差异。”

构建中国人群泛基因组图谱还有助于发现“丢失的遗传率”。所谓“丢失的遗传率”是指部分疾病具有高遗传性,但是传统方法却难以发现其遗传基因。比如,精神分裂症的遗传率是81%、孤独症的遗传率是80%,而身高的遗传率在55%-90%之间,但是目前能够发现的遗传因素却只能解释20%左右的遗传率,甚至大多在5%以下。徐书华解释称:“根据对中国人群的泛基因图谱的比较,将可以发现其遗传基因,并且未来用于疾病的精准防治领域。”

研究人员还在CPC参考图谱中发现了相当大比例的古人来源基因序列。“简言之,这些新发现的源自古人的基因序列可能与一些关键的表型和功能有关,可能曾经促进了我国以及东亚人群的适应性进化。”徐书华说,这或将为东亚现代人基因组中的古人基因渗入研究乃至整个古DNA领域提供新的信息资料和线索。

复旦大学、西安交通大学、中国医学科学院等26家单位联合完成的这项《基于36个族群的中国人泛基因组参考图谱》研究初步构建了我国人群的泛基因组参考图谱,揭示了中国人的基因组中隐藏着此前从未揭示过的基因序列。在重构人类演化历程、找回复杂疾病研究“丢失的遗传率”等研究和应用中,该图谱具有巨大的潜在价值。

目前,团队正加速这一图谱的实用性研究,将之推向临床疾病检测尤其是精准医学领域。

人类在基因研究方面虽然在不断的深入,但一直处在还未完全突破的阶段。但是,随着人工智能的发展,巨大的算力将会推动基因研究的快速进展。未来,人类对于基因的研究和自身的组成将会越来越透彻。

然而,在新冠疫情结束的时间点,在国家科技部制定的《人类遗传资源管理条例实施细则》即将生效的时间点之前,这项研究发布在英国《自然》杂志上,引发了巨大的争议。

只是,不知道提交给杂志的详细数据有多少?

文章来自:https://www.eet-china.com/

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